董建華在90年代開始涉足政治，1992年10月獲時任港督彭定康委任為行政局非官守議員。1996年1月，時任中共總書記江澤民在北京會見香港特區籌委會委員時，「眾裏尋他」唯獨與董建華一人握手，被視為北京支持董建華成為首任行政長官的政治訊號。後來董生獲推選委員會支持，擊敗楊鐵樑、吳光正及李福善，成為回歸後首任特首。
董建華上任特首後，提出早項長遠計劃，涵蓋經濟、教育、醫療、房屋、公務員體制等。
最經典莫過於董建華在1997年施政報告宣布，擬每年興建85000個房屋單位，之後亞洲金融風暴爆發，樓價急跌，不少人成為負資產業主，加上當時失業率攀升，部分人沒法支付按揭貸款被銀行收樓，甚至引發多宗自殺及倫常慘案。
政府一直並無表明政策改變，直至2000年6月一次記者訪問中，董建華被問及會否修訂「八萬五」目標時，才稱「八萬五政策已經不存在」，此話成為其任內「金句」之一。
董建華任內另一觸目舉動，是首次提請人大為《基本法》釋法，事件源於1999年終審法院對吳嘉玲案的判決引起居港權爭議。
他任內提出亦提出實施母語教育、中藥港計劃、解散兩個市政局、推行強積金計劃等，引起不少爭議。
推行高官問責制亦是董建華重要改革之一。董建華任內另一重大事件為推動《基本法》第23條立法不果，葉劉淑儀亦為事件問責辭職。
SARS來襲、經濟環境欠佳，加上23條立法風波，令董建華民望低下，他於2005年一月發表《施政報告》時承認錯誤，指「政府的一些政策和措施令市民痛苦和不安」，而且過急推出太多改革措施，並缺乏危機意識和政治意識，處理一些突發事件時進退失據，影響了政府的公信力和管治能力。
同年3月10日，董建華宣布以身體不適為由向中央呈辭。